金針菇子實體一般比較小,多數成束生長,肉質柔軟有彈性;菌蓋呈球形或扁半球形,直徑1.5-7cm,菌蓋表面有膠質薄層,濕時有粘性,色白至黃褐;菌肉白色,中央厚,邊緣薄,菌褶白色或象牙色,較稀疏,長短不一,與菌柄離生或彎生;菌柄中生,長3.5-15cm,直徑0.3-1.5cm,白色或淡褐色,空心。
擔孢子生于菌褶子實層上,孢子橢圓形或梨核形(5.5-8×3.5-4.2μm),無色,光滑。金針菇富含蛋白質,還含有VB1、VB2、VC等多種維生素,且富含鈣、磷、鐵等多種礦物質,營養十分豐富。金針菇中還含有18種氨基酸,每100g鮮菇中含有8種的人體必需的氨基酸,占總氨基酸量的42.29%~51.17%,在氨基酸中精氨酸和賴氨酸含量較高,高于一般菇類。金針菇還含有獨特功效的功能成分,如有多種藥理作用的蛋白,有抗癌作用的多糖等,這些成分使得金針菇更加有價值。